一つのFastaファイルの中で，配列類似性に基づいてクラスタリングしたい →mcl (http://micans.org/mcl/)を使う いろんなやりかたあるけど，mclblastlineを使ったら楽かもしれない？ ## protein配列 formatdb -i input.fa -p T blastall -p blastp -i input.f…

これの後半のところで使おうとして、毎回迷ってるなぁって思ったから、メモ代わりに。 https://gist.github.com/t12968yy/8621f304c76c790caa46 my $tree; for { push @{$tree}, $hoge; } foreach my $factor ( @{ $tree } ) { print $factor."¥n"; }

perlで構造体を保存するための裏技っていうかあれ。 大抵はハッシュとかを保存したかったりでよく使います． % cpanm Storable; % emacs -nw foo.pl $!/usr/env/bin perl use strict; use warnings; use Data::Dumper; use Storable qw(store, retrieve); ##…

|.+| 買ったというより、今まで使ってたproたんがなんか体調を崩し気味で、予備用ということで買いました。airたんです。最近欲しかったんですよね、proが重くて。二つの意味で。 そこで、早速いろいろ設定するんですけど、なんか一応メモっとこうかなって。…

・自分の遺伝子をTreeFamのファミリーにassignする方法 TreeFam (http://www.treefam.org)に自分の配列をつっこむのもありですが、全ゲノムレベルで投げる場合はstand alone (https://github.com/treefam/treefam_tools/tree/master/treefam_scan)を使う． …

ただの備忘録 blast+ 2.2.28でrps-blast用のpssmデータベースの作成 % wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/mmdb/cdd/cdd.tar.gz % tar zxfv cdd.tar.gz % ls | grep "KOG" | grep "smp" > KOG.pn KOG*.smpからtitleだけパース <code> #!/usr/env/bin perl use strict</code>…