treefam.plの使い方 - Aide-memoire

・自分の遺伝子をTreeFamのファミリーにassignする方法

TreeFam (http://www.treefam.org)に自分の配列をつっこむのもありですが、全ゲノムレベルで投げる場合はstand alone (https://github.com/treefam/treefam_tools/tree/master/treefam_scan)を使う．

自分で使ってみたけど、色々引っかかったので、一応メモ代わりに

・HMMER ver 3.0を使う

3.1bだとなんだかエラーが出るらしいので、HMMER3.0を使いましょう

・Bio::Perlをいれること

自分はperlbrewでperl-5.16を入れているんですけど、なんだか色々文句を言われましたので、怒濤のcpanmをしました．cpanmを持っていないヒトは是非使いましょう、めちゃくちゃ便利です

・テストrun

　　-hmm_fileはhmmファイルのパスじゃなくて、ファイル名のままです．

　　-dirはhmmファイルのhmmpressバイナリーがあるディレクトリーを渡すんですけど、これはhmmer3.0のhmmpressを使わないと行けなかったっす．

　　-cpuはオプションの一つなんですけど、指定しないと開いているコアを全部使うので、共有の計算サーバーとかだったら絶対付けましょう．

perl treefam_scan.pl -fasta example/example_small.fasta -dir example/hmm_lib/ -hmm_file TreeFam.hmm > ./test.tab