昔Kallistoの使い方の記事を書いたんですけど，だいぶバージョンが古い奴だったので ## インストール ```% wget https://github.com/pachterlab/kallisto/releases/download/v0.43.0/kallisto_linux-v0.43.0.tar.gz% tar zxfv kallisto_linux-v0.43.0.tar.gz…

とりあえずメモ書き程度で．いつか書き加える qiita.com

今年も残る事数時間，ちょっとだけ今年の振り返り． しょっぱなは学部の卒論を書くために奔走したりでいきなりクライマックス．気づいたらボスからちょっと手伝わないかと言われ解析したら論文の共著に ( Genome sequencing of a single tardigrade Hypsibiu…

[更新版を書いています] abs-0110.hatenablog.com 自分のメモ用と，あとは要望があったので 最近インフォ界隈で発現量解析のソフトで盛り上がりを見せているソフトの[kallisto]とそのパイプライン下流の発現変動の有意差検定を行う[sleuth]．早さと正確さが…

一つのFastaファイルの中で，配列類似性に基づいてクラスタリングしたい →mcl (http://micans.org/mcl/)を使う いろんなやりかたあるけど，mclblastlineを使ったら楽かもしれない？ ## protein配列 formatdb -i input.fa -p T blastall -p blastp -i input.f…

これの後半のところで使おうとして、毎回迷ってるなぁって思ったから、メモ代わりに。 https://gist.github.com/t12968yy/8621f304c76c790caa46 my $tree; for { push @{$tree}, $hoge; } foreach my $factor ( @{ $tree } ) { print $factor."¥n"; }

perlで構造体を保存するための裏技っていうかあれ。 大抵はハッシュとかを保存したかったりでよく使います． % cpanm Storable; % emacs -nw foo.pl $!/usr/env/bin perl use strict; use warnings; use Data::Dumper; use Storable qw(store, retrieve); ##…

|.+| 買ったというより、今まで使ってたproたんがなんか体調を崩し気味で、予備用ということで買いました。airたんです。最近欲しかったんですよね、proが重くて。二つの意味で。 そこで、早速いろいろ設定するんですけど、なんか一応メモっとこうかなって。…

・自分の遺伝子をTreeFamのファミリーにassignする方法 TreeFam (http://www.treefam.org)に自分の配列をつっこむのもありですが、全ゲノムレベルで投げる場合はstand alone (https://github.com/treefam/treefam_tools/tree/master/treefam_scan)を使う． …

ただの備忘録 blast+ 2.2.28でrps-blast用のpssmデータベースの作成 % wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/mmdb/cdd/cdd.tar.gz % tar zxfv cdd.tar.gz % ls | grep "KOG" | grep "smp" > KOG.pn KOG*.smpからtitleだけパース <code> #!/usr/env/bin perl use strict</code>…

9ヶ月ぶりの記事。 別に書く内容が無かった訳じゃない、ただ、書く元気が無かっただけです。 一年でperlを書く力も、ちょっとは付いたと思います。 研究の方についてですはね、なかなか進まないですね。 まぁもう3年生になるってことで、進学とかについて色…

2男になりました。 はやい。 後輩が入ってきます。 あ、|.+| です。 とりあえずは2年生となった自分の悲しみに明け暮れている次第でございます。 このブログもあまり更新していなくてすみません。 時期を見てまた更新していきます。 ただ書くネタがなくてで…

Statistics::R 自分は研究するとき、二つの言語をつかいます。それはPerlとRという言語。 Perlは文字列操作に秀ていて、ゲノム解析ソフト( G-Language )やパーサーとして用いられますが、"The R Project for Statistical Computing" (以下R) は統計処理や数…

こんばんわ。 いや、朝見ている人がいるかもしれないからおはようございます。 ..... こんにちは！ 気晴らしに記事を書きます、|.+| です。 今回の内容はプログラミングで必須なツール、 神様の作ってくださった最高のプログラミング言語、Unixコマンドです…

明けましておめでとうございます。 今年もどうぞよろしくお願いします。 さて、久しぶりに更新する訳ですが、 今日は！ 予定しか書きません！ レポートが！！ まにあわないのです！！ ＝＝＝近日中に書きたいなぁと思っている事＝＝＝ * Unixコマンドについ…

( )brew 穴を埋めなさい と聞かれたら、homebrew perlbrew pythonbrew の三つが浮かびます。 ちょっとそのお話でもしようかなと (1) Homebrew HP( http://mxcl.github.com/homebrew/ ) HPの言う通り、パッケージマネージャーです。 いろんなソフトを簡単にイ…

ちょっと前に友人に聞かれて、昔自分も調べた事もあってまとめようと思いました perlのスクリプトで、unixコマンドを使いたい時がたまにあります。 自分の場合はperlを使ってFASTAファイルを編集して多くのBLASTのqueryを作ってBLASTに書けたい！って場合が…

まとめた方が良いかなと思いました Macbook Pro (2012.8購入) OS 10.8 一応プログラミングとかに必要そうな物を一通り入れてます。 perlbrew, pythonbrew, xcode, homebrew, git, gnuplot, R, emacs, Xquartz あとはzshにしてますね インストールの仕方は各…

これれは春に経験したお話です。 昔、一つのkeyに対して複数のvalueを付与したくて調べてたところ、先輩に「構造体を使えば」と言われて調べたのがきっかけです。 簡単な紹介として、ハッシュのハッシュです。 例として #!/usr/env/bin perl use strict; use…

WebアプリとかHP制作とかお勉強したいなぁと思いまして、 授業でHTML5とjavascriptをやってることもあり、 なんか新しい物を開拓すべくruby on railsに手を出してみました。 あ、環境はMac Book Pro OS10.8です ここを参照に $ ruby -v ruby 1.8.7 $ sudo ge…

ブログを開設しました。 |.+| と申します。読み方はabsです。 とある大学にて生物学のお勉強しながらbio-infomaticsの研究をしてます。 ちなみに大学１年生なのでわからない事が多いです。 そのわからなかった事と解決したらここにまとめていきたいと思いま…