Aide-memoire

Bio-infomaticsで困った事の備忘録的なサムシング

自分が困った事をまとめた備忘録的なサムシング

自分のパソコンについて

まとめた方が良いかなと思いました

 

Macbook Pro (2012.8購入)

 OS 10.8

 

一応プログラミングとかに必要そうな物を一通り入れてます。

perlbrew, pythonbrew, xcode, homebrew, git, gnuplot, R, emacs, Xquartz

あとはzshにしてますね

インストールの仕方は各ホームページに乗ってますが、一応...のせときます笑

あと順番とかいろいろ関係してきます

 

一番最初にやらないといけないのはXCodeのインストールです

AppStoreがあれば無料で入ります。Snow Leopard以前の方はインストールCDを使えば良いと思います

インストールが終わったら Xcode→Preferences→Downloads→Components→Command line tools→install

これが無いとありとあらゆる物をコンパイルできないです。

Xcodeは容量が馬鹿にならないから時間かかります(ネット環境による)

 

 

あとは次のコードをぽいぽい入れたり編集したりしましょう 

エラーに遭遇した場合はエラーが出てるので英語をがんばって解読しましょう。

emacszshとgitはmacだったらデフォルトで入っていると思いますが、homebrewを用いたインストールを一応のせます

 

 ## Homebrew
$ ruby -e "$(curl -fsSkL raw.github.com/mxcl/homebrew/go)"
$ brew doctor
$ brew --version
> 0.9.3

## Perlbrew
$ curl -kL http://install.perlbrew.pl | bash
$ perlbrew --version
> App::perlbrew/0.55

## Pythonbrew
$ curl -kL http://xrl.us/pythonbrewinstall | bash
$ emacs ~/.bashrc

1 | [[ -s $HOME/.pythonbrew/etc/bashrc ]] && source $HOME/.pythonbrew/etc/bashrc
2 |

ctrl x + ctrl s → ctrl x + ctrl c

$ source ~/.bashrc
$ pythonbrew
$ pythonbrew --version
> 1.3

## Git (Homebrewがインストールできた場合)
$ sudo brew install git
password : (入力してください)
$ git --version
git version 1.8.0

## gnuplot (Homebrewがインストールできた場合)
$ sudo brew install gnuplot
$ gnuplot -V
gnuplot 4.6 patchlevel 0

## R for statical computing
ここをクリック。そのまま指示に従ってください。
R version 2.14.2 (2012-02-29)
Copyright (C) 2012 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

## XQuartz ここをクリック。解凍した後、指示に従ってください。
> XQuartz 2.7.4 (xorg-server 1.13.0)

## Emacs
$ sudo brew install emacs
$ emacs --version
GNU Emacs 24.2.1

あとはperlbrewでperlの5.16.3, 5.14.3、pythonbrewでpythonは2.6.7と2.7.3と3.2.3、
そしてhomebrewでlv,imagemagick,wget,tmux,slをインストールしましたね

まぁslは半分冗談で入れたようなものですけどね笑

 

あとは.zshrcの設定ですが、ネットにコピペ用の物がいっぱい転がっているので探してみてください。

かくいう自分も先輩からいただいた物を自分仕様にちょっといじったぐらいです。