Aide-memoire

Bio-infomaticsで困った事の備忘録的なサムシング

自分が困った事をまとめた備忘録的なサムシング

パソコンを買いました

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買ったというより、今まで使ってたproたんがなんか体調を崩し気味で、予備用ということで買いました。airたんです。最近欲しかったんですよね、proが重くて。二つの意味で。

 

そこで、早速いろいろ設定するんですけど、なんか一応メモっとこうかなって。

 

・システム環境設定を変更する

  >app store関連

   Macは出荷時の設定ではApp Storeで購入したものしか起動できない設定になってます。

システム環境設定>セキュリティーとプライバシー>一般 に移動

左下の鍵のところをクリックして解錠 (要パスワード)

ダウンロードしたアプリケーションの実行許可をすべてのアプリケーションを許可に

  keybordのcapsをcontrolにする

   ターミナルを叩く身としてはよくcontrolを使いますので、Capsをcontrolにすると作業がはかどります

 

夜フクロウを入れる

  TWITTER!!!!!!!!!!

 

Dropboxを入れる

  ラボでファイルを共有する為に必須

 

Xcodeを入れる App StoreでDL

  Command line toolsがないとgccがない、gccがないと何も"make"できない

 

・ Alfred2を入れる http://www.alfredapp.com

  便利なアプリランチャー

  これがあるといろんなことができるのでおすすめ

  でもOSX Yosemiteからはスポットライトで同様のことができるらしいから楽しみ

 

・ iTerm2を入れる http://www.iterm2.com

  MacだとTerminalがありますが、iTerm2はエンコードとかがよいらしい。背景とかいろいろ設定できるから、なんかよい。

  > zshrcの設定

   漢ならzshですよね。http://news.mynavi.jp/column/zsh/

 

・ perlbrewを入れる http://perlbrew.pl

  知ってる人は知ってるperlのバージョン管理ソフト的なサムシング 

  複数のperl (v5)のバージョンを同時にインストールして、使い分けができる

  cpanmという便利なモジュールインストーラーが手に入るので、よい

  > cpanmのlocal-libの設定

   root、sudoを持っていない人は、自分のホーム上にいろんなモジュールをインストールすることになる(普通は/usr/local/lib?)。最近ここら辺で苦戦しました。

   zshrcに次のこと書いておくと、よいかも?

alias cpanm=cpanm --local-lib=$HOME/perl5

PATH=$HOME/perl5/bin:$PATH

export PERL5LIB=$HOME/perl5/perlbrew/perls/perl-5.8.9/lib/:$PERL5LIB
export PERL5LIB=$HOME/perl5/lib/perl5:$PERL5LIB

   *現段階ではperl-5.8.9を入れているので、3行目は5.8.9になっているけど、ほかのやつを入れた場合は逐次増やしていけばいいと思う

  > デフォルトのモデルの更新

   perlをインストールしたとき、大半のものは結構古くなっている可能性が高いので、outdatedなものはとりあえず全部updateしましょう。

cpanm App::cpanoutdated;

cpan-outdated  | cpanm

 

・ homebrewを入れる  http://brew.sh

  MacPortsと並んでよく使われるアプリインストーラー。結構いろんなものをインスオールすることができるので、検索するだけでも結構楽しかったりする。間違いなく最初に入れるべきはGit、wget、lvの3つ。ほかはなんか気が向いたときに入れればいいと思います。あと、

% brew tap homebrew/science

  ってしているだけで、バイオ系のソフトが大量にインストール可能になります(MAFFTとかBowtieとか)

 

・ Rを入れる http://www.r-project.org

  みんな大好きR。図を作ったり統計検定したりいろんなことができます。いろんなlibraryがありますが、Rのバージョン依存が激しいので、Rswitchを入れることで回避しましょう (http://r.research.att.com)。

  > ggplot2 http://ggplot2.org

   図を作る中でも、かなり自由度の高いggplot2を僕はよく使ってます。初心者にとってはかなり難しいかもしれませんけど、使い慣れたらすごいきれいな図を作れるようになりますので、おすすめですね。

 

・ XQuartzを入れる https://xquartz.macosforge.org/landing/

  X11の代用。Macはlion?からX11をデフォルトで入れてくれなくなりましたので、一般公開されているXQuartzをインストールしないといろいろつらいですね。

 

Safari拡張機能

 Hatenaのブクマを使っている人だったら必須でしょうかね http://b.hatena.ne.jp/guide/safari_extension

 

・ perian・Flash playerを入れる http://perian.softonic.jp http://get.adobe.com/jp/flashplayer

  某動画サイトを作業用BGMとしてよく使うので、必須。というかこのリストの中で一番最初に入れたレベルで必須。

 

 

 

 

 

いま思いつくのはこれぐらいですかねぇ。

何かあれば随時付け加えておきます。