Aide-memoire

Bio-infomaticsで困った事の備忘録的なサムシング

自分が困った事をまとめた備忘録的なサムシング

*brew

(   )brew  穴を埋めなさい

と聞かれたら、homebrew perlbrew pythonbrew

の三つが浮かびます。

ちょっとそのお話でもしようかなと

 

(1) Homebrew

HP( http://mxcl.github.com/homebrew/ )

HPの言う通り、パッケージマネージャーです。

いろんなソフトを簡単にインストールできるようになります。

Homebrew自体のインストールは簡単。

$ ruby -e "$(curl -fsSkL raw.github.com/mxcl/homebrew/go)"

をterminalにコピペ。自動でインストールされます。

あ、でもgccが入っていないとだめなので、XCodeでコマンドラインツールをインストールしてください。(参考: http://nantekottai.com/2012/03/31/xcode-command-line-tools/ )

インストール出来たら、まず

$ brew doctor

してください。何かしら問題が起きてる状態でインストールしてしまったら何が起きるか分かりません。

と出ましたら大丈夫です。

 

じゃあ何か入れてみましょう

 

$ brew install wget

wgetの詳細はご自身でggってください笑

このように $ brew install  (package name) とするだけでインストールされます。

ただ注意してほしいのは、必ずしもhomebrewでインストールできるとは限りません。

それはそのソフトが登録されていない場合です。

 

登録されているのかを確認するためには

$ brew search (Package name)

としましょう。

一度インストールしたものについてバージョン情報とか欲しければ

$ brew info (Package Name)

また既にインストールした物を確認したかったら、

$ brew list

 

同じソフトだけど、旧型の物が欲しければ、(ちょっと難しいですが)

$ brew versions (Package Name)

$ cd /usr/local

$ git checkout (Branch Name)

$ brew update

とします。例えばemacs23.1が欲しいと思った場合。

$ brew versions emacs

 

abs % brew versions emacs

24.2     git checkout 669f1b5 /usr/local/Library/Formula/emacs.rb

24.1     git checkout 9a2ea22 /usr/local/Library/Formula/emacs.rb

23.4     git checkout 25a6b9d /usr/local/Library/Formula/emacs.rb

23.3b    git checkout bcdc4a2 /usr/local/Library/Formula/emacs.rb

23.3a    git checkout 3b570b8 /usr/local/Library/Formula/emacs.rb

23.3     git checkout d514b4c /usr/local/Library/Formula/emacs.rb

23.2     git checkout 348c872 /usr/local/Library/Formula/emacs.rb

23.1     git checkout 9906ce3 /usr/local/Library/Formula/emacs.rb

 

$ cd /usr/local

$ git checkout 9906ce3 /usr/local/Library/Formula/emacs.rb

$ brew update

としたら変更されます。

いちいち/usr/localに移動しないと行けないのは、そこがHomebrewがソフトをインストール先だからです。

いろんな物をインストールすると、それぞれのlibやbin, opt, etcなどが整理されます。

ですが、人によって違う事もあるのでご注意ください。

$ cd `BREW --PREFIX`

で確認できます。

 

あとはよくHomebrewのアップデートをしてください。

パッケージ登録はかなり頻繁にされるらしく、先輩が言うには毎日した方がいいらしいです。

$ brew outdated    ##既にインストールされている物で最新型でない物を探す

$ brew upgrade ## outdatedだった物をupdateする

$ brew update  ##Homebrew自体をアップデート。新規登録パッケージが分かります

 

(2) Perlbrew

ここから先は使う人が相当減ると思います。

いろんなモジュールが出回ってる中、特定のperlのバージョンに依存しているものがあります。新しいperlから昔のperlをたまに使いたい!って人用のソフトです。

インストールは簡単

curl -kL http://install.perlbrew.pl | bash

ホーム上にインストールされ、perl5というフォルダが出来ます。

一度インストールされたら、perlbrewと打って使えるか確認しましょう

 

一応使い方($ perlbrew と打てばhelpが出ますが、英語がめんどくさい方のために)

登録されているperlの確認

$ perlbrew available (2012.11.22現在)

 

  perl-5.17.6

i perl-5.16.2

i perl-5.14.3

  perl-5.12.5

  perl-5.10.1

  perl-5.8.9

  perl-5.6.2

  perl5.005_04

  perl5.004_05

  perl5.003_07

 

iと成っている物がインストール済みの物です。そして5.N.Mとなっていますが、Nが偶数に成っている物が安定リリースです。ですからまだ17は入れてないです。

特定のバージョンをインストールするには、

$ perlbrew install perl-5.8.9

これはしこたま時間かかります。

$ tail -f ~/perl5/perlbrew/build.perl-5.8.9.log  (5.8.9をインストールする場合)

をすれば進行状況が分かりますが、コンパイルのlogを見て理解できる方はおそらくここを見ていないと思います笑

たまにfailします。

一応エラーを出してくれますが、Mountain Lionたる我が母艦は12以前のものは入ってくれません。よくわかりません。

ですが成功した場合、

$ perlbrew switch perl-5.8.9

とすればそのパソコンはperl-5.8.9を使うようになります。(switchする前に $ perl -v をしといて本来のversionを確認すると分かりやすいです)

これは再起動しても基本的にswichしたバージョンを使うようになりますが、それが嫌な場合は

$ perlbrew off

とすれば本来のperlを使えるようになります。

またインストールしたけどいらないやと成った場合は

$ perlbrew uninstall perl-5.8.9

とします。まぁ一度入れたらあまり消すとは思いませんけど.....笑

 

あ、あとたまにパッチが当てられたりすると3つ目の数字がインクリメントされますが、

$ perlbrew upgrade-perl

とすればそのバージョンの最新版に成ると思います(未経験)

 

 

あともう一つ便利なのがcpanmです。

$ perlbrew install-cpanm

でインストールされます。

このcpanm、実はモジュールのインストールがちゃっちゃと出来る優れもの。

$ cpanm XML::Simple

とすればXML::Simpleというモジュールをインストールできます。

これでいちいちcpanサイトに行ってソースを落としてコンパイルみたいな事をしなくて大丈夫です、すべてcpanmしましょう(登録されてなかったら当然ですが出来ません)

 

あと、これは先輩から教わった事ですが、local libとApp::cpanoutdatedと呼ばれる物を使用すると、すでにパソコンに入ってるモジュールをアップグレードできるようです。

$ cpanm local::lib

$ App::cpanoutdated

 $ cpan-outdated | cpanm

ちょっと時間かかりますが、これで古いモジュールをアップデートできます。

 

一応自分の使っている範囲内の事を説明しましたが、他のexecとかuseとかもありますので、ご自身で調べて必要な物をお使いください〜

 

(3) pythonbrew

こちらはperlbrewのpython

なんかいろんなところが作っているみたいなのですが、自分はhttp://pypi.python.org/pypi/pythonbrew/ さんのを使ってます(たしか)。

 

インストールは簡単。

curl -kL http://xrl.us/pythonbrewinstall | bash

したら"[ -s $HOME/.pythonbrew/etc/bashrc ]] && source $HOME/.pythonbrew/etc/bashrc"を~/.bashrcに加えろと言われます。

分からない人はいないと願いますが、一応

$ emacs -nw ~/.bashrc

> [ -s $HOME/.pythonbrew/etc/bashrc ]] && source $HOME/.pythonbrew/etc/bashrc (コピペ)

> ctrl x,s  ⇒ ctrl x,c (save、quit)

$ source ~/.bashrc

これで完了

 一応

$ pythonbrew

と打ってみましょう。Usage: pythonbrew COMMAND [OPTIONS]が一行目に出ればオッケーです。出てこなかった場合は何かをしくじってます、がんばりましょう(近くのunixマニアに聞きましょう)

 

こちらはperlbrewと動作が似てます。

ただ、perlbrew availableのような便利な物は無く、

$ pythonbrew list -k 

でインストール可能な物が出てきます。

## 例(2012.11.22現在)

# Pythons

Python-1.5.2

Python-1.6.1

Python-2.0.1

Python-2.1.3

Python-2.2.3

Python-2.3.7

Python-2.4.6

Python-2.5.6

Python-2.6.7

Python-2.7.3

Python-3.0.1

Python-3.1.4

Python-3.2.3

これで3.0.1をインストールしたければ、

$ pythonbrew install 3.0.1

とすれば入ります。

あとはswichすれば使えますね

 

 

 

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追記:

Homebrewでは最近fomulaeの移動が激しく、バイオインフォマティクス系のツールが変わってます。

今では

$ brew tap Homebrew/science

とすれば大方アクセスできるようになると思います。

そして!!

こちらさんにもcpanmのような物があります!!

pipというかわいらしい名前です。

$ pip install gnuplot-py

を試してみましょう。

多分はいります(gnuplotというgrapherだったと思います)

たまーにですが、sudoしないとだめな物があります。

この間他のソフトでとあるモジュールに依存していたのでpipで入れたところ認識されず困っていました。だがsudoでやったらミラクル、気づいてくれました。

 

 

 

 

 

一応これで自分の使っている*brew関係について触れました

久しぶりの記事となってすみません、なかなか手を離せない物がありまして...笑

またたまに更新していきます。

 

 

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